實驗室使用的PCR儀都是高精度儀器。一旦儀器出現一些小偏差很可能對實驗結果產生較大的影響。因此，學會日常保養和維護是十分重要的。PCR儀的維護與保養需要注意以下問題：
1、儀器安置
儀器應安放在濕度較低、灰塵較少并遠離水源和熱源的地方，無腐蝕性氣體或強磁場干擾。環境溫度建議在18~35℃之間。儀器之間應保持50cm 以上距離，降低儀器之間的影響。
2、樣品池的清洗
先打開蓋子，然后用95%乙醇或10%清洗液浸泡樣品池5min，然后清洗被污染的孔；用微量移液器吸取液體，用棉簽吸干剩余液體，設定保持溫度為50℃的PCR程序并使之運行，讓殘余液體揮發去除，一般5～10min即可。
3、熱蓋的清洗
對于熒光定量基因擴增儀，當有熒光污染出現，而且這一污染并非來自樣品池時，或當有污染或殘跡物影響到熱蓋的松緊時，需要用壓縮空氣或純水清洗墊蓋底面，確保樣品池的孔干凈，無污物阻擋光路。
4、儀器外表面的清洗
清洗基因擴增儀的外表面可以除去灰塵和油脂，但達不到消毒的效果，選擇沒有腐蝕性的清洗劑對基因擴增儀的外表面進行清洗。
5、使用前預熱
老款的PCR儀的性能比不上新款儀器，使用前需要進行預熱，不僅對儀器維護有好處，還能節約實驗時間。新款的儀器升溫快，但還是建議在進行實驗前預熱2min，這樣可以有效延長儀器的使用壽命。
6、更換保險絲
先將基因擴增儀關機，拔去插頭，打開電源插口旁邊的保險盒，換上備用的保險絲，觀察是否恢復正常。
7、定期運行維護
PCR儀器需要定期檢測，視制冷方式而定一般半年至少一次。
